央廣網(wǎng)昆明12月3日消息（記者李健飛）近日，中國科學(xué)院昆明動(dòng)物研究所馬占山團(tuán)隊(duì)發(fā)布了兩項(xiàng)生物信息技術(shù)（算法和軟件），這兩項(xiàng)技術(shù)可用于精準(zhǔn)診斷菌群相關(guān)疾病指標(biāo)的研發(fā)，也可用于其它環(huán)境微生物群系監(jiān)測的研究。其技術(shù)報(bào)告以The P/N (Positive-to-Negative Links) ratio in complex networks—a promising in silico biomarker for detecting changes occurring in the human microbiome和Trios—promising in silico biomarkers for differentiating the effect of disease on the human microbiome network為題，分別發(fā)表在Microbial Ecology和Scientific Reports上。兩項(xiàng)技術(shù)的國家發(fā)明專利已進(jìn)入實(shí)質(zhì)審核階段。

　　現(xiàn)今，仍有一類疾�。ɡ�如乳腺炎、BV、IBD、肥胖、牙周炎等），由于對(duì)其發(fā)病機(jī)制缺乏完整了解，使臨床診斷存在諸多障礙。它們具有一些共同特征：用一通俗說法，就是與人體“菌群失調(diào)（Dysbiosis)”密切關(guān)聯(lián)，類似于自然生態(tài)系統(tǒng)（例如森林、湖泊）失衡可能會(huì)引發(fā)生態(tài)災(zāi)害。“人體菌群”更準(zhǔn)確的應(yīng)稱作“人體微生物群系（Microbiome)” 是指分布在人體體內(nèi)（腸道、生殖道、呼吸道、口腔）和體表（皮膚）的大量微生物（包括細(xì)菌、病毒、噬菌體、質(zhì)粒等）。如果單指細(xì)菌，則“菌群”這一傳統(tǒng)使用名詞可以繼續(xù)使用。如果包括病毒、噬菌體、質(zhì)粒等，則“微生物群系”應(yīng)該是更加恰當(dāng)?shù)拿�詞。另目前中文翻譯中大量使用“微生物組”一詞，但如果考慮，與傳統(tǒng)上類似的“（動(dòng)植物）區(qū)系（Biomes)”一詞使用，以及與“微生物宏基因組（Metagenomics)”區(qū)別；中文其它生物“組”學(xué)也都對(duì)應(yīng)英文“Omics”；Omics通常也指對(duì)生物大分子（基因、宏基因，蛋白質(zhì)等）“組”的研究。則“微生物群系（Microbiome)”或許更恰當(dāng)。

　　人類自進(jìn)入工業(yè)化時(shí)代以來，現(xiàn)代化的生活方式（特別是飲食習(xí)慣的改變）或?yàn)槿祟愇⑸�物群系帶來深刻變化，這些改變很大程度上不利于健康。肥胖、糖尿病、痛風(fēng)、IBD等免疫代謝相關(guān)疾病的高發(fā)構(gòu)成一張可能仍在不斷加長的疾病清單�？茖W(xué)家將這類疾病稱之為菌群相關(guān)疾病(Microbiome Associated Diseases：MAD)。 然而，針對(duì)MAD的大規(guī)模、深入研究僅是過去10年間的事。由于受到菌群檢測技術(shù)的限制，對(duì)此類疾病病因的研究迷失了方向；其中一些疾病的病因至今仍然未知。例如，有些疾病被認(rèn)為是感染性疾病（例如乳腺炎、BV、牙周炎），但醫(yī)學(xué)界卻找不出確切的病原菌。又如，有些疾病被籠統(tǒng)歸之為代謝性疾病（例如肥胖、IBD），但確切的發(fā)病機(jī)制并不清楚。美國“人體微生物群系研究計(jì)劃”（HMP）以及歐盟“人體腸道微生物群系研究計(jì)劃”（MetaHIT)等所采用的宏基因組學(xué)研究技術(shù)，將MAD疾病的研究推向醫(yī)學(xué)前沿。但對(duì)尋找MAD疾病“病原”和診斷標(biāo)準(zhǔn)的研究仍然鮮有重大突破。與傳統(tǒng)感染性疾病不同，通常不存在單一的“敵人”（病原菌）。即使存在“敵人”，敵人非�！敖苹�”，他們可能形成機(jī)會(huì)性的邪惡聯(lián)盟。馬占山團(tuán)隊(duì)2015年首次揭示的乳腺炎發(fā)病機(jī)制就是其實(shí)例之一。這些機(jī)會(huì)性邪惡聯(lián)盟“潛伏”在健康人體菌群內(nèi)，一旦機(jī)體發(fā)生有利于他們擴(kuò)張的環(huán)境，則迅速“興風(fēng)作浪”。

　　人類微生物群系計(jì)劃伊始，科學(xué)家已認(rèn)識(shí)到MAD疾病乃至微生物群系研究本質(zhì)上是生態(tài)學(xué)問題，并從以研究動(dòng)植物為對(duì)象的宏觀生態(tài)學(xué)汲取了大量理論、方法和技術(shù)。人體微生物群系生態(tài)學(xué)被認(rèn)為進(jìn)入了黃金時(shí)代；但這些進(jìn)展并沒有解決MAD疾病的診斷和病因研究中的根本性挑戰(zhàn)。幾乎所有人體菌群研究均進(jìn)行多樣性分析、多樣性指數(shù)計(jì)算�，F(xiàn)實(shí)中，這些多樣性指數(shù)對(duì)疾病診斷的意義有限。

　　鑒于生態(tài)學(xué)分析技術(shù)的局限性，科學(xué)家對(duì)應(yīng)用復(fù)雜網(wǎng)絡(luò)科學(xué)研究菌群生態(tài)網(wǎng)絡(luò)展開了大量研究。網(wǎng)絡(luò)科學(xué)在過去10多年間被認(rèn)為是自然科學(xué)和社會(huì)科學(xué)領(lǐng)域最重要的技術(shù)之一，然而在MAD疾病診斷領(lǐng)域卻進(jìn)展甚微。由于先前所定義的復(fù)雜網(wǎng)絡(luò)特征忽略了菌群網(wǎng)絡(luò)中特殊節(jié)點(diǎn)的作用，以及其相互作用方式；這些特征或是在疾病和健康樣本之間無顯著差別，或是“七上八下”。馬占山團(tuán)隊(duì)制定了如下策略尋找全新的網(wǎng)絡(luò)特征，包括（1）“承認(rèn)”代表特殊微生物種類的網(wǎng)絡(luò)節(jié)點(diǎn)（例如，最高豐度物種、最高優(yōu)勢(shì)度物種、網(wǎng)絡(luò)樞紐節(jié)點(diǎn)等）可能具備的特殊作用；（2）區(qū)分種間相互作用的模式（相生、相克或陰、陽關(guān)系）；（3）選取盡可能簡單的特征。

　　以上策略有效地揭示了人體微生物群系網(wǎng)絡(luò)內(nèi)部相互作用的三條基本原理：其一、物種生來并不平等，特殊物種可能具有特殊的診斷價(jià)值；其二、相生相克或陰陽平衡程度應(yīng)具有重要診斷價(jià)值；其三、奧卡姆剃刀原理（以簡御繁）。正是基于此三項(xiàng)原理，馬占山團(tuán)隊(duì)定義了兩類生物信息標(biāo)記（指標(biāo)）算法。一類是菌群網(wǎng)絡(luò)中12種三角（基序）關(guān)系（trios），另一類是菌群網(wǎng)絡(luò)中正負(fù)比例。三角關(guān)系雖然簡單，但往往是決定系統(tǒng)格局和穩(wěn)定性的重要因素。馬占山團(tuán)隊(duì)定義的12種三角關(guān)系足以描述影響復(fù)雜網(wǎng)絡(luò)系統(tǒng)格局和穩(wěn)定性的要素；而正負(fù)比例指標(biāo)顯然受到了傳統(tǒng)中醫(yī)陰陽平衡思想的啟示。馬占山團(tuán)隊(duì)通過分析公共數(shù)據(jù)庫中已發(fā)表的菌群相關(guān)疾病的研究數(shù)據(jù)，示范了兩項(xiàng)生物信息診斷技術(shù)的有效性。當(dāng)然，新診斷技術(shù)的適用性和有效性并非限于所檢驗(yàn)過的這些疾病。馬占山團(tuán)隊(duì)建立的原理、算法和軟件為用戶研發(fā)其它菌群（微生物群系）相關(guān)疾病的個(gè)性化精準(zhǔn)診斷提供了全套分析和計(jì)算技術(shù)。目前，尚無其它類似能夠用于研發(fā)可靠、特異的菌群相關(guān)疾病診斷指標(biāo)的通用技術(shù)（算法和軟件）。因此，新技術(shù)的發(fā)布為菌群相關(guān)疾病的精準(zhǔn)診斷和其他環(huán)境微生物群系監(jiān)測的研究提供了一項(xiàng)前景良好的核心使能技術(shù)。