十六大以來，在稅收制度改革方面，隨著改革開放的深入和經濟社會形勢的變化，按照黨的十六屆三中全會提出的“分步實施稅收制度改革”的任務和 “簡稅制、寬稅基、低稅率、嚴征管”的改革原則，主要的改革內容是：改革出口退稅制度；統一各企業稅收制度；增值稅由生產型改為消費型，將設備投資納入增值稅抵扣范圍；完善消費稅，適當擴大稅基；改進個人所得稅，實行綜合和分類相結合的個人所得稅制；實施城鎮建設稅費改革，條件具備時對不動產開征統一規范的物業稅，相應取消有關收費；在統一稅法的前提下，賦予地方適當的稅收管理權；創造條件逐步實現城鄉稅制統一。相對于1994年全面、大動作的稅制改革，新一輪的稅制改革是結構性、漸進式的調整。

　　從具體的稅改安排和進展看，一是農村稅費改革全面轉向農村綜合改革階段。2004年，財政在改革糧食流通體制中對種糧農民實行直接補貼，并全面取消了除煙葉外的農業特產稅；2005年，全面取消牧業稅，592個國家扶貧開發工作重點縣全部免征了農業稅；2006年，在全國范圍內取消農業稅，徹底改變了兩千年來中國農民因從事種植業而交納“皇糧國稅”的歷史，國家與農民的分配關系發生根本性變革；從2006年起，農村稅費改革步入了以鄉鎮機構改革、農村義務教育體制改革、縣鄉財政管理體制等各項配套改革為主要內容的農村綜合改革的新階段；2007年全面推開農村義務教育經費保障新機制，在全國農村普遍實行免除義務教育學雜費，將義務教育全面納入了公共財政保障體系。

　　二是增值稅轉型穩步推進。2004年9月，增值稅轉型改革以東北地區8大行業試點為開端，正式拉開了序幕，2007年決定在中部20多個工業城市擴大推進增值稅轉型改革試點，并研究在全國范圍內的實施方案于2009年之后推開。

　　三是所得稅改革邁出新步伐。企業所得稅方面取得重大改革進展，從2008年1月1日起，內、外資企業所得稅法實現兩法合并，結束了我國沿用十多年的內外資企業執行兩套稅法的“雙軌”時代。個人所得稅方面，從2006年1月1日起，個人所得稅工資、薪金所得費用扣除標準，從800元調整到1600元，2008年3月1日起進一步調整為2000元，2011年再次提高為3500元，并同時調整了超額累進的稅率、級距、級次設計。

　　四是研究實施有利于節約資源能源和開發新能源的財稅政策，積極調整和完善資源稅政策。2010年下半年，由新疆起步實施原油、天然氣資源稅由從量征收改為從價征收的改革，在分步推進后，2011年這一改革在區域覆蓋面上已擴及全國，2012年后將擴大其品種覆蓋面。

　　五是在住房保有環節稅收的改革方面，于2011年啟動了上海、重慶兩地的房產稅試點，將在取得經驗后適時擴大改革試點范圍。這一改革是密切關聯地方稅體系建設、房地產業長期健康發展和優化收入分配、財產配置機制的重要制度建設。

　　六是實施營業稅改增值稅的改革。2012年1月起上海率先實施了“營改增”的改革試點，2012年8月之后，全國將有十個左右省市陸續跟進。這一改革旨在消除營業稅的重復征稅因素，從而激勵引導原被營業稅覆蓋的市場主體改變“小而全”、“大而全”傾向，發揮能力、潛力實現專業化細分，在減輕實際稅負的同時形成升級換代的經濟激勵，進而提振消費、擴大內需和優化產業結構。

　　七是在2009年應對世界金融危機的宏觀調控中大力實施結構性減稅，在關稅環節有選擇地降低稅負，對中小企業實施所得稅減半征收，2011年下半年推出把小微企業簡易征稅辦法中的“起征點”由最高5000元提高到最高20000元。這些措施成為“反周期”調控、改善企業經營環境和改善民生的積極手段。

　　八是在稅收征管方面，2004年新《稅收征管法》及其《實施細則》等一批法規相繼頒布實施，使稅收征管力度加強，規范性提高，促進了稅收收入的持續大幅度增長。